新生儿如果染色体异常，有可能会造成先天性的心脏病和智力发育不全等疾病。由于染色体异常，是从胎儿时期就会受到影响，并且引起染色体异常的原因也比较多，所以引起疾病的种类也非常的广泛。

染色体异常，有可能会引起神经系统方面的疾病，影响到孩子的智力和运动障碍。由于遗传因素，也有可能会出现心脏方面的疾病。另外有一些还有可能会出现身体畸形，比如头颅和面部的畸形，另外当染色体出现异常时，也会引起视觉系统的疾病，比如斜视和色盲等疾病。