原体的种类很多，不同的衣原体可引起人类、鸟类及哺乳类动物的眼、泌尿生殖道、呼吸道、神经系统、关节、胎盘和全身感染。引起人类衣原体感染的主要病原有沙眼－包涵体结膜炎衣原体、花柳性淋巴肉芽肿衣原体和鹦鹉热衣原体。中国除沙眼衣原体

支原体、衣原体感染会造成炎症。在女性生殖道中，衣原体容易侵犯的部位是子宫颈，可引起局部炎症，并可由此向上蔓延，引起子宫内膜炎、输卵管炎，导致分泌物增多，宫颈黏液、阴道黏液的改变，使精子的生存和运动都有一定障碍。

有报道证实，在17例因盆腔感染合并输卵管不通而致的不孕中，11例被检出衣原体感染。可见衣原体感染是引起女性不孕的原因之一。另外，衣原体、支原体感染还会造成精子畸形，导致精子发育、运动受到障碍，精子形态也将发生变化，从而影响精子的运动，造成了精子的活力不强。

衣原体感染不仅可通过性生活传播，还可通过手、毛巾、衣物、浴器等接触传播。因此在日常生活中，男女方都应讲究卫生，不要混用生活用品，如果有一方感染了衣原体，在前好不过性生活，以免传染给对方，导致不孕。