1、痛经，这是巧克力囊肿的主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。异位的子宫内膜受卵巢激素的作用，与正常子宫内膜有同样的周期性变化，月经后半期，异位的内膜高度增厚充血，子宫内膜异位瘤内压力逐渐增加，行经时经血聚积囊内，使囊壁承受的压力骤然增加而引起疼痛。因此，子宫内膜异位症痛经的特点多从月经前甚至周期后半期开始，持续整个月经期至月经后数日消失。疼痛部位多在下腹正中，或偏于一侧，病变浸及子宫直肠。

2、月经不调，患者主要表现为痛经、月经量比较多，一般是由于巧克力囊肿导致的卵巢功能发生紊乱引起的。

3、性生活痛：子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显。

4、不孕，多数子宫内膜异位症患者伴有不孕症，在原因不明的不孕症患者中多数伴有子宫内膜异位症，患者常因盆腔器官粘连，使输卵管蠕动受阻或输卵管堵塞等机械因素导致不孕，亦可能为卵巢功能不全，自身免疫反映增强，前列腺素增加，泌乳素增高等因素有关。

5、腹膜炎，卵巢子宫内膜囊肿，囊壁较脆缺乏弹性，经血逐渐聚积，囊内压力不断增高，内容物可自囊壁的薄弱部位溃破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出现急腹症。