随着向棘细胞分化生长的过程，启动转录调整，中上层细胞中出现了高复制HPVDNA的完整病毒颗粒，E6、E7编码蛋白具有重要的转化细胞功能，特别是在高危HPV感染中，ORF早期区E1-E8主要负责病毒的复制和转化特性，而晚期区L1和L2则与增殖和复制有关，病毒颗粒在角质形成细胞终末分化阶段组装，子代病毒随死角细胞脱落而释放。

在体液免疫研究方面，人乳头瘤病毒抗原曾经使用过提取的病毒颗粒、细菌表达的融合蛋白、合成多肽等。大多数结果表明，主体抗体主要针对壳体蛋白L2，壳体蛋白L1或L1L2抗原被基因重组。研究表明，人乳头瘤病毒抗体具有特异性，阳性结果与疾病史密切相关。抗体出现速度慢，滴度低。对于一群很近感染人乳头瘤病毒16的新妇女来说，血清抗体的平均阳性转动时间接近一年，平均滴度为1。∶100，血清抗体的维持时间尚不清楚。有报道称，尖锐湿疣抗体可持续数十年。人乳头瘤病毒的细胞免疫反应一直被认为在抑制病毒再活化和疣体消退方面发挥着重要作用。T细胞的反应强度与疣体的出现、持续时间和消退有关。近年来，研究发现，E6和E7的淋巴组织增生反应与皮肤病变和人乳头瘤病毒感染的消除有关。在宫颈癌妇女的外周血液、引流淋巴结和癌组织中检测到相应E4蛋白的细胞毒性T淋巴细胞。

大多数人乳头瘤病毒yi苗接种动物实验证明，预防性接种病毒或基因重组壳蛋白L1、L2、E7、E6或E5能够整体或部分保护宿主免受病毒攻击，至少能够加速排斥反应。目前已经看到人乳头瘤病毒yi苗的阶段和第二阶段。Ⅱ期临床试验报告显示，人希望从基因重组E7、E6等蛋白质中确定有效的治疗yi苗，扩大人乳头瘤病毒相关疾病的治疗。

干扰素具有抗病毒、抗增殖和免疫调节活性，已成为治疗HPV感染的辅助药物，特别是尖锐湿疣的泛发和难治性。有效报告为40％。～60％，影响效果的因素有∶类型、剂量、疗程、给药途径、患者细胞免疫活性、人乳头瘤病毒类型、剂量相关的副zuo用限制了大剂量系统的给药治疗。目前大多采取损伤性内分区注射治疗，没有标准化方案。鉴于价格和给药不便，治疗对象往往是其他方法失败的患者。有作者认为，早期治疗损伤性内注射治效果果良性，报告治疗初期尖锐湿疣效率大于70％。

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