肛门病毒疣，通常指的是肛门尖锐湿疣，是一种由人类乳头瘤病毒(HPV)引起的性传播疾病。选择治疗肛门病毒疣的医院时，需要考虑多个因素，以确保获得更佳的治疗效果。以下是一些建议：

选择正规医院：正规医院通常拥有更好的医疗设备、专业的医疗团队和丰富的临床经验。这些医院能够提供全面的检查和治疗方案，确保患者得到准确的诊断和有效的治疗。例如，北京协和医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院等都是知名的医院，在皮肤科领域具有较高的声誉。

考虑专科医院：如果患者的肛门病毒疣症状较为严重或复杂，可以选择去专门的皮肤病医院或性病专科医院进行治疗。这些医院通常设有专门的性病科室，拥有专业的性病医生和更好的性病治疗设备，能够提供更加专业的治疗服务。

了解医院的治疗方法：不同的医院可能采用不同的治疗方法，包括物理治疗(如激光、冷冻、电灼等)、化学治疗、免疫治疗和中医治疗等。患者应了解各种治疗方法的优缺点，根据自己的病情和医生的建议选择合适的治疗方法。

考虑医院的地理位置：选择距离患者居住地较近的医院，可以减少就诊时间和交通成本，方便患者及时就医和复查。

参考医院的口碑和评价：可以通过网络搜索、咨询亲友或查看医院官网等方式，了解医院的口碑和评价。选择口碑好、评价高的医院，可以提高治疗的效果和患者的满意度。

总之，选择治疗肛门病毒疣的医院时，需要综合考虑医院的资质、设备、医生的专业水平、治疗方法、地理位置以及口碑和评价等因素。同时，患者也应保持积极的心态，配合医生的治疗，注意个人卫生和饮食习惯，以提高治疗效果和防止复发。

请注意，以上建议仅供参考，具体选择还需根据患者的实际情况和医生的建议进行决策。