肛门内有疣体，患者应当积极就医，选择合适的科室进行治疗。一般来说，可以挂肛肠科或者皮肤科进行就诊，以下是对这两个科室的详细分析：

一、肛肠科

肛肠科是专门研究肛门、直肠及结肠疾病的学科。当疣体生长在肛门内部，特别是肛管内部时，由于位置较深，皮肤科处理可能较为困难，此时患者可以选择去肛肠科就诊。肛肠科医生可以通过肛镜等器械，充分暴露肛门内部的疣体，然后采取激光、电灼或者手术的方式，将局部的疣体去除。

二、皮肤科

皮肤科是研究皮肤疾病及其相关问题的学科。由于肛门疣体通常是由病毒感染引起的，特别是人乳头瘤病毒（HPV）感染，因此患者也可以选择去皮肤科就诊。皮肤科医生对于尖锐湿疣等性传播疾病有丰富的诊疗经验，可以通过肉眼观察和必要的实验室检查（如醋酸白试验、HPV-DNA检测等）来确诊。确诊后，皮肤科医生可以采取物理疗法（如液氮冷冻、激光治疗等）将疣体去除，同时还可以配合药物进行治疗。

三、其他注意事项

除了选择合适的科室就诊外，患者在治疗过程中还需注意以下几点：

保持患处清洁卫生，避免感染。

遵循医生的指导，按时用药和复查。

避免不洁性生活，防止交叉感染。

保持良好的生活习惯和饮食习惯，增强免疫力。

综上所述，肛门内有疣体时，患者可以选择去肛肠科或皮肤科就诊，具体科室应根据疣体的位置、大小和病情严重程度等因素综合考虑。