三叉神经痛是一种表现为面部三叉神经分布区域内反复发作的、短暂的、剧烈疼痛的疾病。由于其症状特殊且易与其他面部疼痛疾病混淆，因此在进行诊断时需要与以下疾病进行区分：

牙痛：三叉神经痛常被误诊为牙痛，尤其是当疼痛位于下颌支时。然而，牙痛多为持续性钝痛或跳痛，局部有明确的牙病，如龋齿、牙周炎等，且通过X线或CT检查可以明确诊断。而三叉神经痛的疼痛呈电击样、刀割样、撕裂样，突发突止，间歇期完全正常。

鼻窦炎：如额窦炎、上颌窦炎等，其疼痛为局限性持续性痛，可伴有发热、鼻塞、脓涕及局部压痛等症状。通过鼻窦CT检查可以明确诊断。

颞下颌关节炎：疼痛局限于颞下颌关节腔，呈持续性，关节部位有压痛，且疼痛与下颌动作关系密切。通过X线及专科检查可以协助诊断。

三叉神经炎：三叉神经炎的疼痛呈持续性，且三叉神经分布区感觉过敏或减退，可伴有运动障碍。神经炎多在感冒或鼻窦炎后发病。与三叉神经痛不同，三叉神经炎的疼痛不是阵发性的。

小脑脑桥角肿瘤：疼痛发作可能与三叉神经痛相似，但多见于30岁以下青年人。此类患者多有三叉神经分布区感觉减退，并可逐渐产生小脑脑桥角其他症状和体征。

舌咽神经痛：舌咽神经痛的疼痛部位与三叉神经第3支相似，但疼痛由吞咽动作诱发。使用局部麻醉药喷咽区后疼痛可消失，这是与三叉神经痛鉴别的关键。

面部神经痛：面部神经痛多见于青年人，疼痛范围可能超出三叉神经分布区，如延及耳后、头顶、枕颈甚至肩部等。疼痛呈持续性，与动作无关，且夜间可能加重。

此外，还需要与偏头痛、中间神经痛等疾病进行鉴别。偏头痛通常在疲劳、情绪激动时诱发，伴有先兆症状如视网膜模糊、眼睛发胀等，且疼痛性质与三叉神经痛不同。中间神经痛则表现为烧灼样疼痛，持续几分钟至几小时不等，且局部可能有带状疱疹或面瘫、味觉、听觉变化等。