肛门两侧疣的去除方法主要包括药物治疗、物理治疗以及手术治疗等。以下是对这些方法的详细阐述：

一、药物治疗

药物治疗是去除肛门两侧疣的常用方法之一。患者可以在医生指导下使用抗病毒药物，如阿昔洛韦软膏、咪喹莫特软膏等，这些药物可以抑制病毒的复制和扩散，有助于减少疣体的数量和大小。此外，氟尿嘧啶、鬼臼毒素等药物也可用于尖锐湿疣的治疗，但需注意药物的不良反应和适用范围，务必在专业医生指导下使用。

二、物理治疗

冷冻疗法：利用液氮的低温使疣体组织坏死、脱落。这种方法适用于疣体较小、数量较少的情况，通常需要多次治疗才能达到理想效果。

激光治疗：通过激光的光热作用去除疣体。激光治疗具有精度高、创伤小的优点，适用于各种大小和数量的疣体。但治疗后需注意伤口护理，避免感染。

电灼或微波治疗：通过电灼或微波的热效应使疣体组织变性、坏死，从而达到去除疣体的目的。这种方法适用于较大的疣体，但疼痛较为明显，术后也需要注意伤口护理。

三、手术治疗

对于较大或难以治疗的疣体，手术切除可能是必要的选择。手术切除可以完全去除疣体，但创伤较大，术后恢复时间较长，且有一定的复发风险。因此，在选择手术治疗时，患者应充分了解手术风险和术后护理要求。

四、注意事项

在治疗期间，患者应保持肛门周围清洁干燥，避免搔抓疣体，以免引起感染。同时，应避免不洁性行为，减少感染的风险。如果疣体长时间不消退或出现增多、增大等情况，应及时复诊并调整治疗方案。

综上所述，去除肛门两侧疣的方法多种多样，患者应在医生指导下选择适合自己的治疗方法，并积极配合治疗，以期早日康复。