清洗花菜时建议采用浸泡、流水冲洗、辅助工具清洁相结合的方式，可去除表面农残与虫卵。主要有盐水浸泡、小苏打溶液清洗、淘米水清洗、白醋水清洗、专用果蔬清洁剂清洗等方法。
将花菜拆分成小朵后放入浓度为3%的盐水中浸泡10分钟，盐分能渗透进入花菜缝隙，促使附着在表面的虫卵脱落。浸泡后需用流动清水反复冲洗3次以上，避免盐分残留影响口感。此方法对清除蜗牛类软体害虫效果显著，但高钠人群使用时建议缩短浸泡时间。
每升清水加入5克食用小苏打配置成弱碱溶液，花菜浸泡15分钟可分解部分脂溶性农药。小苏打的微细颗粒能物理摩擦花菜表面凹凸处，配合指腹轻搓花菜茎部能去除顽固污渍。注意浸泡后需用40℃以下温水冲洗，高温会破坏花菜中的维生素C。
发酵24小时的淘米水呈弱酸性，所含淀粉酶可降解有机磷农药。将花菜完全浸没在淘米水中20分钟，其粘稠质地能吸附灰尘颗粒。该方法适合表面有蜡质层的有机花菜，清洗后建议再用柠檬水过一遍以中和酸碱度。
清水与白醋按10：1比例混合，花菜浸泡8分钟能杀灭部分大肠杆菌。醋酸可溶解花菜表面可能存在的硫磺熏蒸残留，对预防胃肠炎有帮助。但花菜茎部较厚处需掰开冲洗，醋味明显时可加少许蜂蜜水二次漂洗。
选择标明可降解的果蔬清洁剂，按说明书比例稀释后浸泡花菜。清洁剂中的表面活性剂能瓦解农药化学键，对清除拟除虫菊酯类农药效果较好。使用后必须用大量流水冲洗，避免化学制剂残留，孕妇及婴幼儿食用前建议改用物理清洗法。
花菜清洗后应立即烹饪避免营养流失，焯水时加少许食用油可保持翠绿色泽。储存未清洗的花菜需用透气保鲜袋冷藏，潮湿环境下易滋生黑斑病菌。建议选择花蕾紧密、茎部切口新鲜的产品，表面有褐色网纹的可能是老花菜。日常可将花菜与西蓝花交替食用，两者营养互补且农药残留类型不同，能降低单一农残摄入风险。对于消化功能较弱者，建议将花菜煮熟至软烂状态再食用。
