干玉米存放三年后若保存得当且无霉变、虫蛀等情况，通常可以食用，但营养价值和口感会明显下降。若出现受潮、变色、异味等变质迹象，则不建议继续食用。干玉米的保存时间与储存环境、包装方式等因素密切相关。
干玉米在干燥、避光、密封良好的条件下，水分含量极低，微生物难以繁殖，理论上可长期保存。但长期存放会导致淀粉老化、脂肪氧化，维生素B族和维生素E等营养素流失，煮熟后口感变硬且香味减弱。食用前需仔细检查是否有霉斑或虫卵，建议充分浸泡后高温烹煮以降低风险。
若储存环境潮湿或包装破损，干玉米可能受黄曲霉菌污染产生毒素，肉眼难以辨别但危害较大。误食霉变玉米可能引发胃肠不适甚至肝脏损伤，尤其对儿童、孕妇等敏感人群风险更高。存放超过三年的干玉米即使外观正常，也不建议作为婴幼儿辅食原料使用。
建议将干玉米分装于密封容器中，置于阴凉干燥处保存，并尽量在1-2年内食用完毕。烹饪前可先取少量试煮，确认无异常后再大量食用。日常可选择真空包装的干玉米产品，开封后尽快用完。若发现玉米有结块、发黏或哈喇味，应立即丢弃不再食用。合理储存的谷物搭配新鲜蔬菜水果，能更好保证膳食营养均衡。
