香菇可以通过剪根、冲洗、浸泡和擦拭等方式收拾干净。处理时需注意去除泥沙、杂质和残留农药，保持食材卫生安全。
新鲜香菇的根部常带有木质化部分和栽培基质残留，需用厨房剪刀紧贴菌盖底部剪除。剪根时保留约2毫米菌柄以保持形态完整，避免过度修剪导致菌盖散开。剪下的根部若质地柔嫩可保留用于熬汤，木质化部分需丢弃。
将剪根后的香菇置于流动清水冲洗，水流压力不宜过大以免损伤菌褶。重点冲洗菌盖背面褶皱处，此处易积存泥沙。冲洗时动作要轻柔，避免破坏香菇表面保护膜导致营养流失。冲洗时间控制在20秒左右即可。
用3%浓度盐水浸泡香菇10分钟，可帮助析出残留农药和驱离菌褶内藏匿的小虫。浸泡时水面需完全没过香菇，期间可轻轻搅动2-3次。注意浸泡时间不宜超过15分钟，否则会导致水溶性营养素流失。
在清水中加入少量淀粉形成悬浊液，将香菇浸泡5分钟后轻轻搓洗。淀粉颗粒能有效吸附菌褶中的细微杂质，特别适合处理干香菇复水后的清洗。此法比单纯用水冲洗更能清除褶皱深处的灰尘。
清洗后的香菇用干净棉布或厨房纸吸干表面水分，同时可进一步擦拭掉残余杂质。对于特殊料理需求保留完整形态的香菇，可用软毛刷轻刷菌盖表面。处理后的香菇应尽快烹饪，避免长时间暴露导致氧化褐变。
日常处理香菇建议现洗现用，清洗后若需保存可沥干水分冷藏不超过2天。干香菇需先用温水泡发至完全舒展再进行清洗，泡发水沉淀后可取上层清液用于提鲜。烹饪前检查菌盖是否有霉斑或异常黏液，出现此类情况应整颗丢弃。搭配丝瓜、豆腐等食材时可提升香菇中锌元素的吸收率，但肾功能异常者需控制每日摄入量。
