挑选苦瓜时建议选择外形饱满、颜色翠绿、表面瘤状突起明显的果实。优质苦瓜通常具有瓜体匀称无凹陷、表皮光泽无黄斑、触感硬实有弹性、蒂头新鲜青绿、气味清新无异味等特征。
成熟度适中的苦瓜应呈纺锤形或长条形，两端粗细均匀，无明显弯曲或凹陷。表面若有局部发黄或皱缩，可能存放过久导致水分流失。观察横切面时，果肉应呈乳白色且厚度均匀，籽粒未完全成熟呈浅黄色者为佳。
新鲜苦瓜表皮呈鲜绿色或浅绿色，带有蜡质光泽。深绿色品种宜选颜色均匀者，避免出现大面积黄化或褐变斑点。表面细小的白色粉状物为正常果粉，但若有黏腻感则可能已变质。夏季采收的苦瓜颜色通常比秋冬季节更鲜亮。
用手指轻压瓜身应感到紧实有回弹，过软的苦瓜可能过熟或内部腐烂。瘤状突起部分应饱满立体，按压时不会塌陷。瓜体重量与体积相称，过轻者可能果肉干瘪，过重者可能含水量过高影响苦味物质积累。
果蒂呈鲜绿色且湿润者为近期采摘，干枯发黑的蒂部说明储存时间较长。蒂部连接处应平整无腐烂痕迹，无白色霉斑或褐色病斑。带藤苦瓜可观察藤蔓切口，新鲜切口呈淡绿色且有汁液渗出。
优质苦瓜具有淡淡的青草香气，若有发酵酸味或霉味则已变质。低温储存的苦瓜气味较淡，常温下苦瓜会逐渐释放特有的清苦气息。切开后瓤部应呈白色海绵状，发红或发黑的瓤部可能已滋生细菌。
苦瓜储存时可包裹厨房纸放入冰箱冷藏室，避免与其他果蔬混放加速变质。烹饪前去籽焯水可降低苦味，凉拌时加盐搓揉能破坏苦瓜苷细胞结构。脾胃虚寒者建议搭配姜蒜烹调，经期女性及低血糖人群应控制食用量。选购有机种植的苦瓜可减少农药残留风险，表皮有虫眼者说明农药使用较少但需彻底清洗。
