泡水用青柠檬或黄柠檬均可，具体选择需根据个人口味和营养需求决定。青柠檬酸度更高且富含芳香物质，适合提神醒脑；黄柠檬维生素C含量更稳定，适合长期饮用。
青柠檬表皮呈深绿色，果肉酸涩感明显，其特有的柠檬烯和柠檬醛等挥发性成分在高温冲泡时能更好释放，适合制作泰式柠檬茶等需要突出清新风味的饮品。青柠檬的有机酸含量比黄柠檬高，对促进消化液分泌效果更显著，但胃酸过多者需谨慎饮用。从储存角度而言，青柠檬常温下易变黄氧化，建议冷藏保存并尽快使用。
黄柠檬成熟度更高，果皮中橙皮苷等抗氧化物质积累更丰富，80℃以下温水冲泡可减少维生素C损耗。其甜度略高于青柠檬，直接泡水饮用适口性更好，适合老人儿童或胃黏膜敏感人群。实验数据显示黄柠檬切片冷冻后，其维生素C保留率比青柠檬高，制作冷泡茶时营养流失较少。需注意表面打蜡的黄柠檬建议用盐搓洗后再使用。
无论选择哪种柠檬，建议每日柠檬水饮用量控制在1000毫升以内，避免过量摄入有机酸损伤牙釉质。空腹饮用时可搭配少量蜂蜜调节酸碱度，使用玻璃或陶瓷器皿冲泡能减少金属离子与柠檬酸反应。特殊人群如胃溃疡患者、正在服用抗凝药物者，需咨询医师后调整饮用方式和剂量。
