豆芽富含多种营养素且热量低，适量食用有助于补充维生素和膳食纤维，但处理不当可能引发细菌污染或加重消化负担。
豆芽是维生素C和B族维生素的优质来源，尤其绿豆芽中维生素C含量接近柑橘类水果。发芽过程使豆类中的蛋白质更易被人体吸收，同时产生大量膳食纤维促进肠道蠕动。黄豆芽含有大豆异黄酮，对调节女性激素水平有一定帮助。不同豆芽品种营养侧重不同，绿豆芽清热解暑，黑豆芽则富含花青素。
豆芽中丰富的酶类物质有助于分解糖类和脂肪，其低升糖指数特性适合糖尿病患者食用。钾元素含量较高能帮助平衡体内钠水平，对高血压人群有益。豆类发芽后植酸含量降低，提高了铁、锌等矿物质的生物利用率，改善贫血效果优于未发芽豆类。
豆芽生长环境潮湿易滋生沙门氏菌等致病菌，生食或未彻底加热可能导致食物中毒。部分商贩使用植物生长调节剂催生，长期摄入过量化学残留可能影响内分泌。黄豆芽含嘌呤较高，痛风急性期患者应限制食用。胃肠功能较弱者大量进食可能引发胀气或腹泻。
服用抗凝血药物者需控制豆芽摄入量，其维生素K含量可能影响药效。甲状腺功能减退患者不宜生食豆芽，所含硫苷物质可能干扰碘吸收。市售无根豆芽可能含非法添加剂，选购时应观察根须是否自然。发芽时间过长的豆芽营养价值下降且可能产生有害物质。
家庭自制豆芽可确保无添加，使用消毒容器并每日换水3次。急火快炒或焯水凉拌能最大限度保留营养素，避免长时间炖煮。搭配动物性蛋白食物可提高铁吸收率，与菌菇同食能增强免疫力。每周食用3-4次，每次不超过200克为宜，食用后出现恶心呕吐需立即就医。
豆芽作为高水分低热量的时令蔬菜，适合多数人群作为膳食补充。建议选择芽体饱满无异味的优质豆芽，烹饪前用流水反复冲洗并摘除腐烂部分。特殊体质者可将豆芽彻底煮熟后少量尝试，观察无不良反应再正常食用。保存时需保持通风干燥，冷藏不宜超过两天以避免变质。合理搭配肉类和谷物能使豆芽的营养价值得到更好发挥。
