小米辣可以冷冻保存，能够延长保鲜期并保留大部分风味和营养。冷冻后的小米辣可用于烹饪调味，但解冻后质地会变软，更适合切碎或直接入锅使用。
新鲜小米辣经清洗擦干后，可整根或切段装入密封袋冷冻。冷冻温度需稳定在零下18摄氏度以下，避免反复解冻。短期保存可维持辛辣味，长期冷冻可能导致部分维生素C流失，但辣椒素等活性成分相对稳定。冷冻3-6个月内风味损失较小，适合制作火锅底料、泡菜或酱料。
若小米辣已出现霉斑或腐烂则不宜冷冻。冷冻前建议去除蒂柄减少水分聚集，分装成小份量便于取用。解冻后不宜生食，高温烹煮能更好激发香味。对胃肠敏感者，冷冻辣椒可能降低部分刺激性，但核心辣度仍存在。
日常可将小米辣与大蒜、生姜等香料混合冷冻，制作复合调味包。冷冻保存虽方便，但新鲜辣椒现用现买更能保持清脆口感。特殊体质人群接触冷冻辣椒时建议佩戴手套，避免辣味物质刺激皮肤或黏膜。
