木耳泡发后放入密封容器冷藏可保存3-5天，冷冻保存可达1个月。延长保存时间的关键在于控水灭菌、隔绝空气、低温环境。
木耳泡发后需彻底沥干水分，用厨房纸吸干表面水渍后装入保鲜盒或真空袋。冷藏时建议在容器内垫一层吸水纸，每日更换一次以吸收冷凝水。若发现黏液增多或散发酸味需立即丢弃。短期保存可淋少许食用油拌匀，形成油膜抑制细菌繁殖。
需长期保存时可将木耳分装成小份冷冻，解冻后口感稍软但仍适合炖煮。冷冻前需焯水30秒杀灭表面微生物，晾凉后挤干水分再密封。避免反复解冻，烹饪时可直接将冷冻木耳加入热汤中。干货重新泡发的木耳不宜二次冷冻保存。
日常建议根据食用量分批泡发木耳，避免浪费。泡发时间控制在4小时内，夏季可改用冰水延缓细菌滋生。烹饪前再次冲洗并检查是否有霉斑或异味，凉拌木耳需现做现吃。木耳富含膳食纤维和矿物质，合理保存能最大限度保留营养，但出现变质迹象必须丢弃。
