水果清洗机通常能有效去除部分表面农残和污垢，但清洁效果受清洗方式、机器类型及水果表皮特性影响。
水果清洗机主要通过水流冲击、臭氧杀菌或超声波震动等物理方式清洁水果表面。对于苹果、梨等表皮光滑的水果，机械摩擦配合水流可去除大部分附着性污垢；针对草莓、葡萄等表皮脆弱的水果，轻柔模式能减少破损风险。部分机型配备的臭氧功能可分解部分有机磷类农药，但对渗透性农残效果有限。需注意过度依赖清洗机可能忽略手工搓洗对褶皱部位的清洁作用。
传统浸泡清洗对脂溶性农药去除率较低，而清洗机的物理作用能弥补这一缺陷。但部分研究显示，超声波清洗可能破坏草莓等水果的细胞结构，导致营养流失。带毛刷的清洗机对猕猴桃表皮清洁效果显著，但硬毛刷可能刮伤香蕉等软质水果。农药降解率还受清洗时间、水温等因素影响，并非所有机型都能达到宣称效果。
建议根据水果种类选择清洗模式，表皮较厚的水果可适当延长清洗时间，浆果类则优先选用轻柔水流。清洗后仍建议削去苹果等水果的外皮，搭配小苏打浸泡能进一步提升农残去除率。日常存放水果前保持表面干燥，避免交叉污染。特殊人群食用葡萄等连皮水果时，可配合专用果蔬清洁剂手工搓洗褶皱部位。
