生蚝死后若保存不当通常不建议食用，新鲜死亡且低温保存的生蚝在短时间内可能仍可食用。生蚝死亡后易滋生细菌并产生毒素，食用后可能引发胃肠不适甚至食物中毒。购买时应选择鲜活生蚝，死亡超过2小时或出现异味、黏液增多的生蚝必须丢弃。
新鲜捕捞的生蚝在死亡后1-2小时内若全程冷藏保存，外壳未开口且无腥臭味，经高温烹煮后可能仍可食用。此时生蚝肌肉尚未完全僵直，细菌繁殖量较低，清蒸或烧烤等烹饪方式能有效杀灭部分微生物。但需注意死亡时间越长，生蚝体内组胺等有害物质积累越多，即使高温处理也无法完全消除毒性。
常温下死亡的生蚝会快速腐败变质，体内副溶血性弧菌等病原体大量繁殖，产生耐热性毒素。这类生蚝外壳常呈现明显张开状态，肉质松软发黏，伴有刺鼻氨水味。误食可能导致呕吐、腹泻等急性胃肠炎症状，严重时会出现神经系统中毒反应。海产品过敏人群食用死亡生蚝还可能诱发荨麻疹或过敏性休克。
建议购买时轻敲生蚝外壳，活体会立即闭合，已死亡个体则无反应。烹饪前需再次检查生蚝活性，死亡生蚝即使冷藏也不建议给儿童、孕妇及免疫力低下者食用。日常储存应将生蚝置于0-4℃冰箱下层，覆盖湿毛巾保持湿度，最好在捕捞后24小时内食用完毕。若发现生蚝在运输过程中死亡，为安全起见应当直接丢弃处理。
