肛瘘根据严重程度，用药方式和治疗方法是不同的。轻度的肛瘘，多为单纯性肛瘘，只有一个内口和外口，形状单一。治疗上口服乳果糖通便，同时改变饮食习惯，不食油腻辛辣食物，多摄入水果和蔬菜，尤其是以香蕉，苹果为主，软化大便，肛瘘会自行缓解。重度的肛瘘，为一个或多个外口和一个或多个内口，常有肛周感染演变而来。可以使用高锰酸钾温水坐浴改变症状，缓解后，需要进行手术切除肛瘘。