肝囊肿的治疗应取决于其大小、性质和并发症。直径5cm且有压迫症状的患者，可在超声引导下穿刺抽液，缓解压迫症状。但引流后不久囊肿会再次增大，需要反复引流液体。这种方法操作简单，不需要开腹。对于不能耐受手术的巨大肝囊肿患者仍是一种可行的治疗方法。囊肿感染时应行外引流。

当出现并发症，如囊肿破裂、蒂扭转、囊内出血或邻近器官巨大压迫等影响进食者，需要手术治疗时，应尽可能完整切除囊肿。如果不能，应进行次全切除或至少1/3的囊壁切除，将囊液引流入腹腔。如果胆汁进入囊腔，后一种手术不适用，可采用囊肿-空肠吻合术。

术中应进行血管造影，以确定是否有沟通。如果囊肿是多房性的，在引流前应尽可能去除其分隔。囊壁病理检查要慎重，排除恶变。

对于孤立性肝囊肿，除非出现囊肿破裂、蒂扭转或囊内出血等并发症，否则需要急诊手术，择期手术需根据囊肿的大小和位置、患者的一般情况和意识症状而定。

体检偶尔发现的无症状孤立性肝囊肿，可暂时保守治疗，定期超声检查观察，需警惕恶变的发生有症状的大肝囊肿建议进行手术治疗，因为穿刺引流等保守治疗一般容易复发，并可能带来细菌污染。

多囊肝通常应采用非手术治疗，因为其病变涉及整个肝脏，除非采用肝移植，否则疾病无法完全治好。但一旦多囊肝因肝肿大影响呼吸循环，应考虑手术减压。

除非病变局限于肝脏的一叶，并伴有症状;或疑似恶变，一般不主张手术治疗。在多囊肝疾病中，当发现个别囊肿迅速增大，压迫邻近器官，严重影响患者日常生活或心肺功能时，可对较大的囊肿反复穿刺抽液。

如果患者身体状况良好，肝功能正常，也可以做开窗手术，减轻压力，缓解症状，促进肝细胞再生。如果条件允许，可以进行肝移植，治好疾病。

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