肛周脓肿主要的症状是疼痛，这种疼痛会非常剧烈，且逐渐加重，很多患者说会吃不下，睡不着。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。

低位脓肿出现剧烈肛门疼痛，且这种疼痛持续不减。直肠周围脓肿就不一定会疼痛。因为直肠周围属于盆腔，这里分布的植物神经对普通刺激不敏感，主要表现是局部坠胀和便意感。

肛周脓肿的另一症状是发热，能高可超过40℃。一般来说，脓腔越大越深，发热的概率就大。部分患者还会出现大小便不畅、纳差、失眠。