如果肛瘘患者没有特殊的临床症状，如果想此病，也需要行手术治疗。否则随着病情的进展，有时会形成新的瘘管或支管。有时因慢性炎症刺激，可能还会导致肛管直肠环纤维化，引起排大便不通畅。所以一旦明确肛瘘，应当及早的行手术治疗，早期手术操作比较简单，如果肛瘘瘘管位置比较低，可以行肛瘘切除术，将瘘管切开或开放，将周围的脓液及坏死组织的清除。