复杂性肛瘘的症状有肛门胀痛、局部流脓、肛周皮肤瘙痒等。1.肛门胀痛患者出现复杂性肛瘘的情况时，肛门部位可能会存在多个瘘口，造成肛周皮肤损伤，从而导致其出现肛门胀痛的症状。2.局部流脓患者患有复杂性肛瘘时，肛门周围的分泌物可从瘘口部位流出，使其出现局部流脓的情况，分泌物一般是粪便或粪水。3.肛周皮肤瘙痒分泌物流出时，可不断对其肛周皮肤产生刺激，使其出现肛周皮肤瘙痒的症状，肛周瘙痒的程度不一。