肛瘘通常需要通过手术治疗方能痊愈，极少数病例可能发生症状自行好转。而由于克罗恩病所引发的肛瘘则可能由于疾病本身被控制稳定后逐步痊愈。

肛瘘可能自行发生或继发于肛周脓肿引流后，也可能由克罗恩病、肠憩室炎或肿瘤性疾病。很典型的症状表现为肛瘘外口的间歇性或持续性溢液，通常为脓性分泌物。

对于肛瘘的治疗往往需要通过手术切开后方能治.愈，由于克罗恩病等慢性疾病所引起的肛瘘则可能随着原发疾病病情得到稳定而使症状改善。

肛瘘自愈病例少见，建议在症状消失后复诊以明确情况。