肛瘘的形成，主要是由于肛周脓肿破溃或者经手术切开引流，所产生的后遗症。另外，还有一些肛瘘的形成原因，比如肛管周围的外伤，还有反复慢性的肛裂，也会导致皮下瘘的形成，还包括会阴部的手术，比如内痔注射过深，导致局部感染也会引起脓肿或者肛瘘；还有肠道的炎症性病变，比如溃疡性结肠炎、克隆恩病、结核性肠炎等等，都会导致肛瘘的形成。另外，包括直肠肛管部位的肿瘤，还有通过血行感染而来导致肛周的急性化脓感染等等，也会导致肛瘘的形成。