针对肛门疣的检查，患者可以选择多个科室，但考虑到肛门疣的特性和各科室的专业范围，以下科室是较为推荐的选择：

一、皮肤科

皮肤科医生对皮肤黏膜疾病具有深厚的专业知识和丰富的临床经验，能够准确识别并诊断肛门疣。他们通常会采用醋酸白试验、HPV-DNA检测等专业的检查手段来确认病情，并根据患者的具体情况制定个性化的治疗方案。皮肤科的治疗手段多样，包括药物治疗、物理治疗（如冷冻治疗、激光治疗等）以及手术治疗等，能够满足不同患者的需求。

二、肛肠科

肛肠科医生专注于肛门和直肠疾病的诊断和治疗，对于肛门疣这类发生在肛门区域的疾病具有较高的诊治水平。特别是当肛门疣生长在肛管内部或位置较深时，肛肠科医生可能更具优势。他们可以通过专业的检查工具（如肛镜）来观察疣体的位置和形态，并采用激光、电灼或手术等方法进行精确治疗。

三、性病科

由于肛门疣多通过性接触传播，属于性病的范畴，因此性病科医生也具备处理这类疾病的专业技能和经验。他们通常会对患者的病史进行详细询问，并进行必要的检查，以确保准确诊断并给出合理的治疗建议。

综上所述，皮肤科、肛肠科和性病科都是检查肛门疣的合适科室。患者可以根据自身的病情、疣体的位置和医院的科室设置来选择合适的科室进行检查和治疗。在选择科室时，患者应优先考虑医院的专业水平和医生的经验，以确保获得好的诊疗效果。