肛门里面有疣体的治疗方法主要包括药物治疗、物理治疗以及手术治疗，以下是对这些治疗方法的详细阐述：

一、药物治疗

外用药物：患者可以在医生指导下，外用咪喹莫特、氟尿嘧啶软膏、鬼臼毒素或曲安奈德等药物进行治疗。这些药物能够抑制病毒的复制和疣体的生长，但需注意用药方法和剂量，避免不良反应。

口服药物：对于病情严重的患者，可以配合口服抗病毒药物治疗，如干扰素、免疫球蛋白等，以增强疗效。

二、物理治疗

激光治疗：通过高能量的激光光束精确破坏疣体组织，具有快速、精确的特点。激光治疗适用于表浅皮肤病变，对于肛门内部的疣体也有较好的治疗效果。

冷冻治疗：利用液氮等极低温度使病变组织冻结、坏死，适用于小型、扁平状疣体。治疗后可能出现局部红肿或疼痛，但通常可以耐受。

电灼疗法：使用高频电流烧灼去除异常组织，适用于处理单个或少数突出于黏膜表面的小颗粒。需注意控制电流强度以防过度损伤。

光动力疗法：通过特定波长光线激活药物产生细胞毒性反应来摧毁异常组织，对于微小且位置较深的肛门内疣体有较好效果。

三、手术治疗

对于较大、较多或保守治疗无效的疣体，需要采用手术治疗。手术可以直接切除疣体及其周围病变组织，达到治疗的目的。但手术具有一定的创伤性，术后需要注意伤口的清洁和护理，以促进愈合。

在治疗过程中，患者应保持个人卫生，避免不洁性行为，以降低病毒传播的风险。同时，定期复查和随访也是非常重要的，以便及时发现并处理复发情况。如有任何不适或疑问，应及时就医咨询专业医生。