泡发好的木耳可以冷藏保存到第二天，需密封后置于4℃以下冰箱中。木耳保存不当可能滋生细菌或产生毒素，需注意密封性和冷藏温度。
泡发后的木耳含有较高水分，在常温下易滋生细菌导致变质。将木耳沥干水分后装入保鲜盒或密封袋，排出空气后冷藏可抑制微生物繁殖。冷藏温度需稳定在4℃以下，避免反复取出导致温差变化。若发现木耳表面发黏、有异味或颜色变深，应立即丢弃不可食用。
部分情况下泡发木耳可能因存放时间过长或密封不严出现腐败。木耳在潮湿环境中易受霉菌污染，产生米酵菌酸等毒素，即使加热也无法分解。夏季高温时建议缩短保存时间至12小时内，或分装小份冷冻保存。冷冻木耳解冻后口感会变软，更适合炖煮类烹饪方式。
保存木耳时建议使用玻璃或陶瓷容器，避免与生肉、海鲜同放。次日食用前需再次清洗并沸水焯烫1-2分钟，凉拌木耳需确保冷藏时间不超过8小时。日常建议根据食用量现泡现吃，减少保存风险，出现腹痛腹泻等不适需及时就医。
