西红柿生吃或熟吃均可保留较多营养，具体方式需根据营养需求选择。生吃可获取更多维生素C，熟吃则有助于番茄红素吸收。
生吃西红柿能最大限度保留维生素C、钾和膳食纤维等水溶性营养素。维生素C对增强免疫力、促进铁吸收有重要作用，但高温烹饪易使其流失。选择新鲜成熟的西红柿直接食用，或制作凉拌菜、沙拉，可避免营养损失。需注意生吃可能刺激胃肠黏膜，消化功能较弱者应控制摄入量。
熟吃西红柿通过加热破坏细胞壁，使脂溶性的番茄红素生物利用率提高数倍。番茄红素具有抗氧化、保护心血管等作用，适合用少量油脂翻炒、炖煮或做成番茄酱。短时间加热对维生素C影响较小，长时间高温烹饪则需搭配其他富含维生素C的食材。贫血人群建议熟吃时搭配动物肝脏等富铁食物。
西红柿皮和籽含有大量膳食纤维和抗氧化物质，建议洗净后完整食用。避免与黄瓜同食，黄瓜中的抗坏血酸氧化酶可能破坏维生素C。胃肠敏感者空腹时不宜大量食用，糖尿病患者需控制高糖型番茄制品摄入。根据个人体质和营养需求交替采用不同食用方式，能更全面获取西红柿的营养价值。
