辣椒可以通过冷冻、晒干、腌制、油浸、真空密封等方式长期保存。
新鲜辣椒洗净擦干后直接放入密封袋冷冻，可保存半年以上。冷冻辣椒适合炖煮类菜肴，解冻后质地会变软但不影响风味。红辣椒冷冻后颜色可能略微变暗，青辣椒冷冻后颜色保持较好。冷冻前可去除辣椒蒂减少水分聚集。
将辣椒串挂通风处晾晒至完全脱水，或使用食品烘干机低温烘干。干辣椒可研磨成辣椒粉或整颗保存，置于密封容器中可存放一年。晾晒过程中需避免雨水淋湿，定期翻动确保均匀干燥。干辣椒使用时需提前温水浸泡恢复质地。
辣椒切片后与盐、糖、醋等调料混合腌制，装入消毒玻璃瓶冷藏可保存三个月。泡椒水需完全没过辣椒表面，腌制过程中会产生乳酸菌发酵。腌辣椒可直接作为配菜食用，酸辣开胃且能延长保存期。使用泡菜坛密封腌制效果更佳。
将炸至微焦的辣椒与热油一同装入耐高温容器，油量需完全覆盖辣椒。油浸辣椒常温可存放两个月，油脂能隔绝空气并赋予特殊香气。使用菜籽油或花生油效果较好，油浸后的辣椒油可拌面调菜。注意容器需提前高温消毒。
新鲜辣椒用真空机抽除包装袋内空气后密封，冷藏可保鲜一个月。真空包装能有效抑制氧化和微生物滋生，保持辣椒新鲜度。适合保存完整不破损的辣椒，使用前检查包装是否漏气。真空包装的辣椒可直接用于炒菜。
不同品种辣椒适合的保存方式有所差异，薄皮辣椒更适合晒干或腌制，肉厚的灯笼椒适合冷冻保存。保存前需剔除腐烂变质的辣椒，所有容器使用前应高温消毒。大量保存时可多种方法配合使用，如部分冷冻部分晒干。食用保存辣椒时注意观察是否有霉变异味，出现异常应立即丢弃。日常取用保存辣椒建议使用干燥清洁的餐具，避免污染剩余食材。
