桔子短期存放可放在屋内阴凉处，长期保存建议放冰箱冷藏。桔子储存方式主要受温度、湿度、通风条件、成熟度和储存时间影响。
未完全成熟的青皮桔子适合在10-15℃室内阴凉通风处存放，低温会抑制后熟过程。屋内储存可避免冰箱低温导致的果皮冻伤，适合3-5天内食用完毕的情况。注意需单层平铺于竹篮或透气的容器中，避免堆叠挤压。柑橘类水果会释放乙烯气体，不宜与苹果、香蕉等对乙烯敏感的水果混放。
已成熟的桔子建议用保鲜袋密封后冷藏，4-8℃环境可延缓腐烂，保存期可延长至2周。冷藏前需剔除有伤痕的果实，袋内垫厨房纸吸收冷凝水。冷藏后果皮可能变硬但不影响果肉品质，食用前取出回温1小时口感更佳。蜜桔等薄皮品种冷藏不宜超过7天，否则易出现冻害斑点。
无论室内外存放都应避开阳光直射，紫外线会加速维生素C流失。湿度维持在85%-90%可防止果皮皱缩，湿度过高易滋生霉菌。南方潮湿地区可用纸箱储存，箱内放置木炭或生石灰吸潮。北方干燥环境可套打孔塑料袋保持湿度，每周开袋通风1次。
大量储存时应按成熟度分装，成熟度高的优先食用。带枝叶的桔子比单独果实更耐储存，枝叶能延缓水分蒸发。商业储存会使用涂蜡保鲜技术，家庭可用少量食用油轻擦果皮形成保护膜。发现霉变果实需立即隔离，霉菌孢子会通过空气传播污染其他水果。
切开的桔子必须冷藏并用保鲜膜包裹切口，24小时内食用完毕。制作桔子酱可将果肉加糖煮沸后密封，冷藏保存1个月。晒制的陈皮需持续通风防潮，定期翻晒防止霉变。冷冻保存的桔子瓣适合打果汁，解冻后果肉会软化不宜直接食用。
储存期间定期检查果实状态，轻微变软的桔子可优先榨汁或制作甜品。柑橘类水果不宜与气味强烈的食材同放，果皮易吸附异味。购买时选择果蒂青绿、表皮紧绷的新鲜桔子，储存前无须水洗，表面天然果蜡有保护作用。根据食用计划灵活选择储存方式，确保最大限度保留营养和风味。
