蘑菇可以通过冷藏、干燥、真空包装、冷冻和腌制等方式延长保存时间。
新鲜蘑菇放入纸袋或透气容器中，置于冰箱冷藏室可保存3-5天。注意避免使用密封塑料袋，防止水汽积聚加速腐败。冷藏前无须清洗，表面泥土可用软刷轻扫，潮湿环境易滋生细菌。
将蘑菇切片后晒干或使用食物烘干机脱水，水分含量降至10%以下可常温保存数月。干蘑菇需密封防潮，食用前温水浸泡复原。该方法适合香菇、杏鲍菇等肉质较厚的品种。
新鲜蘑菇抽真空后冷藏可延长保鲜期至7-10天。真空环境能抑制需氧菌繁殖，但包装前需确保蘑菇表面干燥，避免汁液污染密封口。开封后应尽快食用完毕。
焯水1分钟后沥干冷冻，可保存6-8个月。冷冻会导致细胞结构变化，适合后续炖煮烹饪。建议分装小份避免反复解冻，解冻后不宜再冷冻。
用10%浓度盐水浸泡蘑菇，配合柠檬汁或白醋调节酸度，密封冷藏可存1-2个月。高渗透压环境能抑制微生物，但钠含量较高，食用前需充分漂洗。
不同品种蘑菇的保存时效存在差异，草菇等娇嫩菌类建议24小时内食用，而香菇、茶树菇等耐储性较好。无论采用何种保存方式，都应定期检查是否有霉变或异味。保存前剔除病斑和腐烂部分，处理时保持手部与器具清洁。长期保存的蘑菇营养会有部分流失，建议优先食用新鲜品。对于商业大量储存，可考虑辐照杀菌或气调包装等专业方法。
