辣椒可以通过干燥、冷藏、冷冻、腌制和真空密封等方式长期保存。
将辣椒清洗干净后晾干水分，用线串起来悬挂在通风干燥处自然风干，或使用食品烘干机低温烘干。干辣椒可保留大部分辛辣成分和部分维生素，适合制作辣椒粉或直接用于烹饪。注意避免阳光直射导致颜色变暗，干燥过程中需定期翻动防止霉变。
完整无损的新鲜辣椒用厨房纸包裹后装入保鲜袋，冷藏可保存2-3周。青椒类需保持干燥避免凝结水汽，红椒可保留更多维生素C。冷藏前无须清洗，温度控制在4-7摄氏度为宜，与高水分蔬菜分开放置可延长保鲜期。
辣椒洗净去蒂后切块或整颗平铺冷冻，装入密封袋排出空气。冷冻辣椒可保存6-8个月，解冻后适合炖煮或炒菜，但口感会变软。小米辣等小型辣椒可整颗冷冻，使用时无需解冻直接烹饪能更好保持形状。
用盐水或醋腌制的辣椒可保存3-6个月，添加大蒜、花椒等香料能提升风味。泡椒需确保完全消毒容器，乳酸发酵辣椒需控制盐度在5%-8%。腌制过程中产生的益生菌有助于肠道健康，但高血压患者应控制食用量。
新鲜辣椒抽真空后冷藏可延长保鲜期至1个月，冷冻保存可达1年。真空包装能有效阻隔氧气和微生物，特别适合含水量高的彩椒。工业级真空机效果优于家用设备，密封前可用沸水焯烫10秒保持色泽。
不同品种辣椒适用不同保存方法，小米辣适合干燥或冷冻，青红彩椒推荐冷藏或真空处理。保存前需剔除病斑果实，所有容器要彻底消毒。日常取用避免反复解冻，腌制食品开封后需冷藏并尽快食用。搭配硅胶干燥剂可进一步防潮，定期检查保存状态能及时处理变质食材。根据烹饪需求选择合适保存方式，能最大限度保留辣椒的营养价值和风味物质。
