枇杷煮水一般建议去皮去核，但保留果肉。枇杷皮可能残留农药或影响口感，果核含有微量氰苷类物质，长时间高温煮制可能释放有害成分。
枇杷煮水时去皮能避免果皮粗糙纤维影响汤汁清澈度，同时减少表皮可能的污染物摄入。果核去除后可降低误食风险，尤其给儿童或老人饮用时更需注意安全性。保留果肉能充分释放其中维生素C、熊果苷等活性成分，有助于润肺止咳。若追求更温和的口感，可先将去皮枇杷果肉用盐水浸泡片刻再煮制。
部分传统做法会保留枇杷核以增强镇咳效果，认为核中苦杏仁苷具有药理作用。但现代营养学建议控制煮制时间在20分钟以内，避免长时间高温导致氰苷类物质分解。若选择带核煮制，饮用前需彻底过滤核渣，且单次食用量不宜超过5颗枇杷的核量。特殊人群如孕妇或消化功能弱者应严格去核。
枇杷煮水后可搭配冰糖或蜂蜜调节甜度，冷藏后风味更佳。饮用时建议每日不超过500毫升，连续饮用3-5天需间隔2天。胃肠虚寒者应温热饮用，避免空腹服用。煮过的枇杷果肉可捣碎敷面，其多酚类物质有助皮肤抗氧化。选择新鲜枇杷时以果皮金黄无斑点为佳，煮水前用软毛刷轻刷表面去除绒毛。
