香菇清洗时建议先用流水冲洗表面污垢，再用淡盐水浸泡5分钟，最后用软毛刷轻刷菌褶。清洗方法主要有流水冲洗、淡盐水浸泡、软毛刷清洁、淀粉吸附、快速焯水五种方式。
将新鲜香菇置于流动清水下，用手指轻轻搓洗菌盖表面。水流压力不宜过大，避免破坏香菇肉质。重点冲洗菌柄与菌盖连接处，该部位容易残留木屑或栽培基质。冲洗时间控制在1分钟内，防止营养成分流失。
配制浓度约3%的淡盐水，将冲洗过的香菇完全浸没。盐分能促使缝隙中的虫卵或杂质析出，浸泡时间以5-8分钟为宜。水温保持在30℃以下，高温会导致香菇变软。浸泡后需再次用流水冲洗，避免盐分残留影响口感。
选择刷毛密度适中的厨房专用刷，沿菌褶纹理方向单向轻刷。动作需轻柔避免刷破菌肉，尤其注意菌褶内部容易藏匿泥沙。对于体型较大的干香菇，可先用水发泡至软化再进行刷洗。刷洗后立即烹调，防止氧化变色。
在清水中加入少量马铃薯淀粉搅匀，放入香菇轻轻搅动。淀粉分子能吸附褶皱中的细微尘土，特别适合清洗花菇等菌褶密集的品种。处理后的淀粉水会呈现浑浊状态，需换清水漂洗2-3次。该方法对农药残留也有一定清除作用。
将洗净的香菇放入沸水中烫煮10-15秒，立即捞出过冷水。高温能使菌体表面蛋白质凝固，锁住鲜味物质同时杀灭附着微生物。焯水后香菇更易入味，适合凉拌或快炒料理。注意控制时间，过度焯烫会导致营养流失。
日常处理香菇时建议保留菌柄根部1厘米左右，既能固定菌褶结构又避免浪费。清洗后若暂时不食用，可用厨房纸吸干水分后冷藏保存。干香菇需先用温水复水30分钟，待完全舒展后再按上述方法清洗。避免使用洗涤剂或强酸强碱溶液，这些物质可能破坏香菇的天然风味物质和活性成分。对于野外采摘的野生菌类，建议交由专业人员鉴别后再食用。
