草莓可以用淡盐水或食用小苏打水浸泡清洗，配合流动清水冲洗。清洗草莓时无须使用洗洁精等化学清洁剂，主要方法有流水冲洗、盐水浸泡、小苏打水浸泡、淘米水浸泡、果蔬清洁刷辅助。
将草莓放在漏篮中用流动清水连续冲洗两分钟，水流压力有助于冲走表面灰尘和部分农药残留。冲洗时保持草莓蒂部朝上，避免农残随水流渗入果肉缝隙。此方法适合表面洁净的有机草莓或即食草莓。
用百分之三浓度的淡盐水浸泡草莓五到八分钟，盐分能促使部分昆虫幼虫脱落，同时破坏表面蜡质层使农残更易溶解。浸泡后需再用流水冲洗十秒以上，避免盐分残留影响口感。此方法对驱除果蝇卵效果较好。
每升清水加入五克食用小苏打配制成弱碱溶液，浸泡草莓三分钟后轻轻搅动。小苏打能中和部分酸性农药，对去除表面杀菌剂残留效果明显。处理后需换清水漂洗两次，防止碱性物质改变草莓风味。
使用第二次淘米水浸泡草莓八到十分钟，米水中淀粉颗粒具有吸附作用。该方法对脂溶性农药有一定清除效果，特别适合表面有白霜的草莓品种。需注意淘米水需当日新鲜制备，避免发酵产生异味。
用软毛果蔬专用清洁刷轻刷草莓表面凹陷处，配合流水冲洗能有效清除藏在果蒂部位的灰尘。动作需轻柔避免破坏果皮，刷洗后立即食用。此方法适合果皮较硬的草莓品种，对机械采收的草莓清洁效果显著。
草莓清洗后应尽快食用或冷藏保存，避免水分残留加速腐败。清洗时保留果蒂可减少营养流失，食用前再去蒂能保持更好口感。有机种植草莓可适当简化清洗步骤，大规模种植的草莓建议采用复合清洗法。若发现草莓有霉斑或软化现象，即使局部变质也需整颗丢弃，霉菌毒素可能已扩散至整个果实。日常储存草莓建议用透气的食品盒垫厨房纸吸收水汽，存放时间不宜超过两天。
