鲜香菇清洗时建议用流动清水轻柔冲洗表面，并用软毛刷辅助清洁褶皱处，避免长时间浸泡。正确清洗方式主要有快速冲洗、去除根部、刷洗菌褶、沥干水分、冷藏保存。
将鲜香菇置于流动清水下快速冲洗10秒左右，水流压力不宜过大。香菇菌盖表面易残留木屑或栽培基质，快速冲洗可去除大部分杂质，同时减少水溶性营养物质的流失。冲洗时保持菌盖朝下，防止污水倒灌入菌褶。
用厨房剪刀剪除香菇底部硬化根蒂，此处易藏匿泥土和细菌。切除时保留约2毫米根部即可，过度修剪会导致菌褶散开。若发现根部有深色木质化部分，需完全切除避免影响口感。
使用专用蘑菇刷或软毛牙刷轻刷菌褶间隙。菌褶呈放射状排列，容易积聚灰尘和虫卵，刷洗时沿菌褶纹路单向轻扫，避免来回摩擦破坏菌肉结构。刷洗后立即用清水冲净刷出的杂质。
清洗后的香菇需倒扣置于沥水篮中15分钟，利用重力排出菌褶积水。也可用厨房纸轻压吸干表面水珠，但不可用力揉搓。未彻底沥干的香菇烹饪时易出水，影响菜肴风味和锅具温度。
处理好的香菇应放入透气保鲜盒，垫上吸潮纸后冷藏保存。温度控制在4℃左右可延缓变质，建议2天内食用完毕。如需长期保存，可先焯水后冷冻，但口感会略微下降。
鲜香菇含有丰富的菌类多糖和氨基酸，清洗过程中需最大限度保留营养。烹饪前30分钟再进行清洗处理，过早清洗会加速腐败。对于表面有轻微黏液的香菇，可用淡盐水浸泡1分钟杀菌，但需彻底冲洗避免盐分残留。野生香菇需延长清洗时间，并检查是否有虫蛀痕迹。日常储存时可保留原包装纸袋，吸收多余水分保持干燥。
