蘑菇可以用流动清水冲洗、盐水浸泡、淀粉搓洗、削去根部、焯水等方式处理干净。不同品种的蘑菇需根据质地选择适合的清洁方法，避免营养流失或破坏口感。
将蘑菇置于流动清水下，用手指轻轻搓洗表面褶皱或菌盖缝隙中的泥沙。伞状蘑菇如香菇需翻转菌褶冲洗，避免杂质残留。此方法适合表面光滑的杏鲍菇、口蘑等，清洗时间不宜过长以免吸水影响口感。
用淡盐水浸泡蘑菇10分钟左右，盐分能帮助析出褶皱中的虫卵或微小杂质。松茸等野生菌类建议采用此法，浸泡后需再次用清水漂洗。注意水温不超过30℃，避免高温导致营养流失。
干淀粉吸附性强，特别适合清洗金针菇等菌柄细密的品种。将蘑菇与少量淀粉混合轻揉，淀粉颗粒会带走菌褶中的灰尘，之后用流水冲净。此方法能保持蘑菇完整形态，避免机械损伤。
平菇、杏鲍菇等菌柄底部常附着木屑或培养料，直接用刀削除1-2厘米老化根部。对于野生牛肝菌，需检查根部是否有虫蛀痕迹，连带周围0.5厘米健康组织一并切除，确保食用安全。
草菇等易氧化变色的品种可快速焯水10秒，既能杀菌又能固定色泽。焯水后立即过冷水保持脆嫩，同时浮沫会带走部分残留杂质。此方法适用于后续需长时间烹饪的蘑菇，能缩短后期加工时间。
蘑菇清洁后应尽快烹饪，避免长时间浸泡或暴露在空气中。野生菌类建议高温烹煮15分钟以上以分解潜在毒素，日常储存时用厨房纸包裹后冷藏保存不超过3天。搭配大蒜等食材烹饪可帮助鉴别毒性，若发现蘑菇颜色异常或产生异味应立即丢弃。不同品种蘑菇的清洁方式需根据其生长环境和结构特点灵活调整，确保食品安全与营养保留兼顾。
