苦瓜干的保质期一般为12个月到18个月，具体时间受到储存环境、包装方式、加工工艺、是否添加防腐剂以及原料新鲜度等因素的影响。
苦瓜干在阴凉干燥密封的条件下保存较长时间，开封后建议尽快食用完毕。若储存环境潮湿或温度较高，苦瓜干容易受潮霉变，出现异味或结块时应停止食用。真空包装的苦瓜干比普通包装的保质期更长，添加食品级防腐剂的产品保质期可适当延长。采用冻干工艺制作的苦瓜干由于水分含量更低，通常比晒干或烘干的保存期限更久。原料新鲜度也会影响成品保质期，选用当季新鲜苦瓜制作的干品保存时间相对较长。
建议将苦瓜干存放在避光密封的容器中，置于阴凉通风处，避免与有异味的物品混放。开封后若不能一次性用完，可分成小份用密封袋保存，每次取用后及时封口。定期检查苦瓜干的状态，发现颜色变深、质地变软或产生异味时应停止食用。苦瓜干虽经脱水处理仍含有一定营养成分，适当食用有助于清热解暑，但脾胃虚寒者不宜过量食用。
