分辨柠檬好坏可从外观、气味、触感、重量和果蒂状态五个方面综合判断。
优质柠檬表皮呈鲜亮黄色或黄绿色，色泽均匀无暗斑。表面有细小毛孔但无破损或霉变痕迹，果形饱满两端略尖。劣质柠檬可能出现大面积褐色斑点、发霉白斑或皱缩凹陷，表皮颜色暗淡不均匀，部分区域呈现不自然的青白色或深褐色。
新鲜柠檬靠近果蒂处能闻到清新浓郁的柑橘类芳香，无任何酸腐异味。品质不佳的柠檬可能散发发酵酒味、霉味或化学药剂气味，部分经过长期冷藏的柠檬香气会明显减弱甚至完全消失。
成熟度适中的柠檬表皮光滑紧致，按压时能感受到轻微弹性且不会留下压痕。变质柠檬通常表皮发软或发硬，按压可能出现塌陷或过于坚硬，部分劣质果实在触摸时会有粘腻感或粉末状物质脱落。
同等体积的柠檬越重说明果肉越饱满多汁，内部结构紧实无空心。可将柠檬放在掌心掂量，优质柠檬会有沉甸感，而存放过久失水的柠檬重量明显偏轻，摇晃时可能听到籽粒碰撞声。
新鲜柠檬的果蒂呈青绿色且与果实连接紧密，无发黑腐烂迹象。采摘时间过长的柠檬果蒂会干枯变褐，部分劣质果实的果蒂周围可能出现霉变或渗液现象，这类柠檬内部通常已开始变质。
挑选柠檬时建议优先选择当季产品，购买后置于阴凉通风处可保存较长时间。表皮打蜡的柠檬需用盐粒搓洗后再食用，切开后若发现果肉发褐或散发异味应立即丢弃。日常可将柠檬切片冷冻保存，使用时直接取用既能延长保鲜期又能保留更多维生素C。对于需要大量使用柠檬汁的情况，建议选购表皮较薄的品种出汁率更高。
