苦瓜的苦味程度主要与品种、成熟度和烹饪方式有关，通常颜色偏白或浅绿的苦瓜苦味较轻，幼嫩果实比老熟果实苦味弱，去瓤焯水后苦味可进一步降低。
苦瓜的苦味主要来源于葫芦素C和苦瓜苷等成分。不同品种的苦瓜中，台湾白玉苦瓜、广东大顶苦瓜等品种经过人工选育，苦味物质含量较低，表皮呈乳白色或淡绿色的果实通常口感更清甜。这类苦瓜表面瘤状突起较平滑，切开后瓤部颜色偏白，适合凉拌或清炒。
部分特殊栽培条件下的苦瓜也会降低苦味。采用遮光种植的苦瓜因光照减少，合成的苦味物质较少。采摘时间选择开花后10天左右的幼果，此时果肉脆嫩且苦味较淡。若果实完全成熟转为橙黄色，苦味会显著增加。烹饪前用盐腌制或沸水焯烫，能有效溶解部分苦味物质。
选择苦瓜时可观察外观特征，表皮光滑、颜色浅淡、体型匀称的苦瓜通常苦味较轻。日常食用建议搭配鸡蛋、牛肉等食材中和苦味，胃肠功能较弱者应控制食用量。苦瓜含有降糖活性成分，糖尿病患者食用前需咨询
