鸡蛋壳洗干净后仍可能存在少量细菌。鸡蛋壳表面可能附着沙门氏菌、大肠杆菌等微生物，常规清洗可减少但无法完全消除细菌。
鸡蛋壳表面的多孔结构容易藏匿细菌，普通清水冲洗只能去除表面污垢和部分细菌。沙门氏菌是鸡蛋壳常见致病菌，可能通过蛋壳微小裂缝侵入内部。生食或半熟鸡蛋时，残留细菌可能引发胃肠不适。使用软毛刷配合温水清洗可提升清洁效果，但无法达到完全灭菌。
部分特殊处理方式能进一步降低细菌量。商业鸡蛋生产环节会采用紫外线照射或食品级消毒剂清洗，家庭可用稀释白醋浸泡辅助杀菌。烹饪时彻底加热至蛋黄蛋清完全凝固，能有效杀灭可能存在的细菌。免疫力低下人群建议避免食用溏心蛋或生鸡蛋制品。
日常存放鸡蛋应冷藏并尽快食用，避免与其他生食接触。烹饪前可对蛋壳进行二次冲洗，处理生鸡蛋后需彻底洗手。儿童、孕妇及老年人建议选择全熟蛋制品，降低细菌感染风险。若食用后出现腹泻发热等症状应及时就医。
