干木耳最好密封后置于阴凉干燥处保存，避免受潮和阳光直射。保存方法主要有密封保存、防潮处理、避光存放、定期检查、低温冷藏等。
干木耳应放入密封性良好的容器中，如玻璃罐或食品级塑料密封袋，防止空气和水分进入。密封保存能有效隔绝外界湿气，避免干木耳吸潮变质。使用前可检查容器密封性良好，确保内部干燥无水分残留。
在密封容器中可放置食品干燥剂或生石灰包，吸收可能存在的微量水分。干燥环境能延长干木耳的保质期，防止霉变。若发现干燥剂变色失效，应及时更换新的干燥剂以保持防潮效果。
干木耳应存放在避光的橱柜或储物柜中，远离窗户等阳光直射处。紫外线会加速干木耳中维生素等营养成分的分解，影响品质。选择不透明的容器或深色储物空间，能更好地保护干木耳的营养价值。
每隔一段时间应检查干木耳的保存状态，观察是否有受潮、霉变或虫蛀现象。发现异常应及时处理，受潮的干木耳可重新晾晒干燥。定期检查能及时发现问题，避免整批干木耳变质浪费。
在高温高湿季节，可将密封好的干木耳放入冰箱冷藏室保存。低温环境能有效抑制微生物生长，延长保质期。从冰箱取出使用时，应等待容器恢复室温后再打开，防止冷凝水进入导致受潮。
干木耳保存过程中需确保完全干燥，泡发后应当天食用完毕。优质干木耳泡发后应质地饱满有弹性，无异味。若保存不当出现霉变或异味，应立即丢弃不可食用。日常可少量多次购买，避免长期储存。正确保存的干木耳能保持营养和口感，为菜肴增添风味和膳食纤维。合理储存的干木耳可保存较长时间，但仍建议在保质期内尽快食用。
