蘑菇一般建议放冰箱保存，低温环境能延缓腐败变质并保留更多营养。新鲜蘑菇保存方法主要有冷藏保鲜、冷冻储存、干燥处理、真空包装、盐渍储存等。
将未清洗的蘑菇放入牛皮纸袋或透气保鲜盒，置于冰箱冷藏室4℃左右可保存3-5天。该方法适合短期内食用的新鲜蘑菇，能有效防止水分流失和氧化褐变。注意避免使用密封塑料袋，否则易因冷凝水加速腐败。
清洗后的蘑菇切片焯水1分钟，沥干后平铺冷冻可保存3个月。冷冻会改变蘑菇质地，更适合后续炖煮烹饪。该方法能最大限度保留蘑菇中的B族维生素和矿物质，但解冻后不宜凉拌生食。
将蘑菇切片后晒干或50℃低温烘干，脱水后密封避光保存可达1年。干燥蘑菇需泡发后使用，其鲜味物质谷氨酸钠浓度会显著提升，但部分水溶性维生素会流失。
采用真空机抽除包装内空气，冷藏条件下可延长保鲜期至7-10天。该方法能抑制需氧菌生长，保持蘑菇外形完整，适合商业流通环节，家庭操作需专用设备。
用10%浓度盐水浸泡蘑菇，冷藏可保存2周以上。高渗环境能抑制微生物繁殖，但会导致钠含量升高，食用前需充分漂洗。传统方法常用干腌法，层层撒盐后压重物渗出水分。
不同品种蘑菇耐储性存在差异，例如香菇比口蘑更耐存放。无论采用何种保存方式，都应定期检查是否有霉变或异味。建议根据食用计划选择合适方法，冷藏保存的蘑菇烹饪前简单冲洗即可，过度清洗会损失水溶性多糖。特殊品种如松茸建议用吸水纸包裹后冷藏，而金针菇可保留根部原包装存放。保存过程中避免与气味强烈的食物混放，防止串味影响风味。
