微波炉加热的食物通常不会导致营养大量流失，其营养保留程度与加热方式、时间和温度有关。微波加热主要通过水分子的振动产热，相比传统烹饪方式可能更有利于保留水溶性维生素。
微波加热对食物营养的影响取决于具体食材和加热条件。水溶性维生素如维生素C和B族维生素在高温长时间加热时容易流失，但微波加热时间短且无需大量水，反而能减少这类营养的损失。脂溶性维生素如维生素A、D、E、K对微波加热耐受性较好。蛋白质和矿物质结构稳定，微波加热对其影响较小。部分抗氧化物质如多酚类可能因高温轻微减少，但差异不显著。
部分特殊食材可能因微波加热特性导致营养变化。蔬菜中的硫苷类物质在微波加热时可能比水煮保留更多活性。牛奶中的部分蛋白质结构可能因快速升温发生轻微改变，但营养价值差异有限。高糖食物长时间微波加热可能产生美拉德反应，但日常加热时间通常不会达到该程度。油脂类食物反复微波加热可能加速氧化，建议分次加热避免高温持续作用。
使用微波炉时建议选择适合的容器，避免使用金属器皿导致加热不均。加热液体类需防止暴沸，固体食物可加盖保留水分。多样化烹饪方式交替使用，如搭配凉拌、蒸煮等，能更全面保留食物营养。特殊人群如婴幼儿辅食加热需严格控制温度和时间，避免局部过热。定期清洁微波炉内壁，防止食物残渣影响加热效率。
