空心菜短期存放建议放冰箱冷藏，长期存放可放阴凉通风处。空心菜的保存方式主要受温度、湿度、存放时间等因素影响。
空心菜放入冰箱前需用厨房纸包裹茎部，再装入保鲜袋密封。冷藏温度4℃左右可延缓叶片萎蔫，保存2-3天仍能保持翠绿。注意避免与苹果、香蕉等释放乙烯的水果同放，否则会加速叶片黄化。冷藏后空心菜口感稍软，适合快炒或煮汤。
若计划当天食用，可将空心菜竖立浸泡于清水中，放置阴凉避光处。水温维持在15-20℃时，空心菜能通过吸水维持细胞膨压，保持脆嫩口感约6-8小时。此法适合需要保持爽脆口感的凉拌做法，但需每2小时换水一次防止细菌滋生。
环境温度超过25℃时空心菜呼吸作用加剧，叶片易失水萎蔫。冰箱冷藏虽能抑制呼吸，但低于2℃可能发生冷害，表现为茎部出现透明水渍斑。未清洗的空心菜可带根存放，根部包裹湿棉布能延长保鲜期。
相对湿度90%以上可减少水分蒸发，但湿度过高易滋生霉菌。保鲜袋内垫吸水性好的厨房纸，既能维持湿度又可吸收冷凝水。切段的空心菜需尽快食用，切口处营养流失速度是完整叶片的3倍。
焯水后冷冻可保存1个月，但维生素C损失较多。急冻前将空心菜焯烫30秒，立即过冰水能保持色泽。冷冻保存的空心菜适合做馅料或炖菜，解冻后不宜再次加热。
新鲜空心菜含较多硝酸盐，存放超过24小时建议高温烹煮。无论采用何种保存方式，食用前都需流水冲洗叶片背面，去除可能残留的虫卵。搭配富含维生素C的彩椒、番茄同食，有助于减少亚硝酸盐形成。日常购买时选择茎秆细嫩、叶片完整的空心菜，更耐储存。
