山核桃肉通常通过手工或机械方式剥取，常见方法有敲击取仁、水煮脱皮、蒸汽爆破等。剥取过程需注意保护果仁完整，避免营养流失。
手工剥取山核桃肉时，先将干燥的山核桃用专用夹子或锤子轻敲外壳，使外壳裂开但不过度粉碎。敲击力度需均匀，防止果仁碎裂。剥出果仁后需人工分拣，去除残留的碎屑和隔膜。传统方法效率较低，但能最大限度保持果仁形态完整，适合小规模家庭操作。
机械剥取采用专业破壳机，通过压力辊或振动筛分离外壳与果仁。部分设备会先对核桃进行烘烤或蒸汽处理，使外壳变脆更易剥离。工业化生产中还可能使用光学分选机，通过颜色识别自动剔除坏果。机械加工效率高，但可能造成部分果仁破损，需配合人工复检确保品质。
新鲜剥取的山核桃仁建议密封冷藏保存，避免氧化变质。食用前可低温烘烤提升香气，但温度不宜超过60度以防不饱和脂肪酸被破坏。每日食用量控制在20克以内，心血管疾病患者应咨询医师。挑选核桃时选择外壳完整无霉斑的，剥取后尽快食用以保证最佳风味和营养价值。
