西红柿在常温通风处保存一般可保持3-5天新鲜，冷藏保存可延长至1周左右。保存方法主要有带蒂存放、避免叠压、剔除损伤果、调节温湿度、分装保鲜等。
西红柿采摘后保留果蒂能减少水分流失和细菌侵入。果蒂朝上放置可防止挤压导致的汁液渗出，存放时用厨房纸包裹蒂部吸收冷凝水，避免直接接触潮湿表面。未完全成熟的青西红柿可连带部分藤蔓悬挂于阴凉处促进后熟。
多层堆叠会导致下层果实受压腐烂，建议单层平铺于透气的竹篮或塑料筐中。如需叠放需用瓦楞纸板分隔每层，叠放不超过两层。运输过程中可用泡沫网套单独包裹每个西红柿，减少碰撞损伤。
表皮有划痕或软斑的西红柿会加速周围果实腐烂，需优先食用或单独存放。轻微瘀伤可切除受损部位后冷藏，已渗汁的果实应立即处理。存放前用软布轻拭表面灰尘，切勿水洗破坏天然果蜡保护层。
10-13℃环境最适合延缓成熟，湿度维持在90%左右可防皱皮。冰箱冷藏时需装入打孔保鲜袋防止结露，远离制冷出风口避免冻伤。夏季可用湿毛巾覆盖筐体辅助降温保湿，冬季避免靠近暖气片存放。
将西红柿与吸潮剂、乙烯吸收剂共同密封存放可延长保鲜期。切开的西红柿应去籽后装密封盒冷藏，表面淋少许橄榄油隔绝空气。制作番茄酱等半成品冷冻保存可达3个月，需分装成小份避免反复解冻。
保存期间定期检查剔除变质果实，成熟度不同的西红柿分开存放。烹饪前取出冷藏的西红柿室温放置1小时恢复风味，表面出现白色霉斑需整批丢弃。搭配苹果、香蕉等乙烯释放量大的水果存放会加速成熟，建议用保鲜膜包裹隔离。根据实际用途选择保存方式，短期食用建议常温保存更能保持原有口感。
