辣椒通过冷藏、干燥保存、真空密封、冷冻或腌制等方法可以保持新鲜不腐烂。
将完整无损的辣椒用厨房纸包裹后放入保鲜袋，排出空气后密封冷藏。冷藏温度控制在4-8摄氏度可延缓腐败，适合保存一周左右。注意清洗后必须彻底晾干表面水分，避免冷凝水导致霉变。带柄辣椒比去柄的更耐储存。
红辣椒适合串挂阴干或使用食品烘干机脱水。干燥环境需通风避光，完全脱水后的辣椒可研磨成粉或整颗保存。干燥过程要避免高温暴晒导致维生素流失，干燥后需密封防潮，常温下可储存数月。
使用真空机抽除包装内空气能有效抑制需氧菌生长。新鲜辣椒真空包装后冷藏可延长保鲜期至两周，冷冻保存可达半年。注意真空前需确保辣椒表面完全干燥，包装破损后需重新处理。
洗净擦干的辣椒可直接整颗冷冻，或切块后平铺冷冻再装袋。冷冻会使细胞壁破裂导致解冻后变软，适合后续烹饪使用。冷冻温度需低于-18摄氏度，保存期间避免反复解冻，可维持风味3-6个月。
用盐水、醋或酱油腌制辣椒可延长保质期。盐渍需使用10%以上浓度的盐水，醋泡需保证液体完全没过食材。腌制过程会产生乳酸菌发酵，需冷藏保存并定期检查液体浑浊度，正常可储存2-3个月。
不同品种辣椒的储存适应性存在差异，青椒含水量高更适合冷藏短期保存，干辣椒适合脱水处理。无论采用何种方法，储存前都要剔除有损伤或腐烂的个体，容器需消毒处理。大量储存时可分装成小份避免反复开启，定期检查剔除变质个体。对于已经出现局部腐烂的辣椒应当整颗丢弃，不可切除腐烂部分后继续食用。保存过程中保持环境清洁干燥，能有效降低腐败概率。
