益生菌胶囊一般建议在餐后半小时服用效果最佳。益生菌的服用时间主要与胃酸浓度、食物缓冲作用、菌株特性等因素相关，空腹时胃酸可能降低活菌存活率，餐后胃酸被稀释更有利于活菌定植。
益生菌胶囊的活性受胃酸环境影响较大，空腹状态下胃酸分泌旺盛，可能破坏部分菌株活性。餐后胃内食物可中和部分胃酸，此时服用能提高益生菌通过胃部的存活概率。部分特殊包埋技术的菌株可能对胃酸耐受性较强，但餐后服用仍是普遍推荐方式。乳制品中的钙离子可能帮助稳定菌体结构，搭配温牛奶送服可进一步提升效果。
部分人群因胃肠敏感或医嘱要求需调整服用时间。夜间胃酸分泌减少时服用可能减少刺激，但可能影响睡眠质量。急性腹泻期间可遵医嘱增加服用频次，但不宜长期超量使用。肠溶型胶囊受进食影响较小，但需整粒吞服避免破坏外层保护。
服用益生菌期间应避免与抗生素同服，需间隔两小时以上。日常可配合膳食纤维丰富的蔬菜水果帮助益生菌增殖，如燕麦、香蕉、洋葱等。注意观察排便变化，若出现持续不适需及时咨询储存时需避光防潮，部分菌株需冷藏保存以维持活性。
